一九九六年の返還合意から二十年がたつ普天間問題で初の司法判断となり、今後の議論に影響するのは必至。翁長知事は記者会見で「県民の気持ちを踏みにじる、あまりにも偏った判断だ。失望している」と述べた。菅義偉官房長官は「国の主張が認められたことを歓迎したい」とした。

　訴訟は、早ければ年度内にも言い渡される最高裁判決で決着する見通し。双方は確定判決に従うことを確認しているが、知事は徹底抗戦を続ける構えで、別の対抗策の検討を始めた。

　判決は、翁長知事の取り消し処分の前提になる仲井真弘多（なかいまひろかず）前知事の埋め立て承認に違法性があるかを審理対象とした。

　埋め立ての必要性について「普天間飛行場の危険は深刻な状況で、閉鎖して改善するしかない」と言及し、駐留する米海兵隊の運用面や世界情勢から「県外移転はできない」とする国の判断は尊重すべきだとした。辺野古移設によって「全体としては沖縄の負担が軽減される」とも述べた。

　さらに埋め立て承認時の環境保全の審査も十分とし「前知事の承認に裁量権の逸脱はなく、取り消した翁長知事の処分は違法だ」と結論付けた。

　翁長知事が国の是正指示に従わなかったことについても違法とした。

　国は三月、翁長知事に処分を撤回するよう是正指示をしたが、知事が従わなかったため七月に提訴。地方自治法の規定で迅速な審理が求められており、一審は高裁が担った。